Bazylika - powstanie kościoła i klasztoru oo. Bernardynów w Leżajsku poprzedziły nadzwyczajne wydarzenia. Teksty źródłowe konwentu leżajskich Bernardynów opisują historię Tomasza Michałka z pobliskiej Giedlarowej, pracownika jednego z leżajskich browarów, który w 1590r. oświadczył wobec miejscowego duchowieństwa i władz miasta, że w obrębie dzisiejszej Bazyliki, na pniu drzewa ściętego w gąszczu leśnym, objawiła mu się Matka Boża ze św. Józefem. W 1592 r., na terenie boru leżajskiego powstała drewniana kaplica p.w. św. Anny. W 1598 r. z ofiarności mieszczan i nawróconego z luteranizmu dzierżawcy leżajskiego Kacpra Głuchowskiego, przy poparciu przełożonego Bożogrobców ks. Jana Teologa, a także szlachcica Rzeszotarskiego, wzniesiono tam drewniany kościół p. w. Zwiastowania NMP oraz świętych Jana Chrzciciela, Wawrzyńca, Sebastiana i Małgorzaty. Posiadał on trzy ołtarze. Na jednym z nich wystawiono wizerunek św. Anny, na drugim Bożą Mękę, trzeci ozdobiono obrazem Madonny z Dzieciątkiem, pędzla ks. Erazma z klasztoru leżajskich Bożogrobców.
W 1608 r. przybyli do Leżajska bernardyni, sprowadzeni z Przeworska za przyczyną biskupa przemyskiego Macieja Pstrokońskiego. W 1610 r. staraniem zakonników wybudowany został pierwszy murowany kościół. Obecną, monumentalną świątynię wzniesiono w latach 1618-1628 z fundacji marszałka wielkiego koronnego Łukasza z Bnina Opalińskiego i jego żony Anny z Pileckich Opalińskiej. Motywem fundacji miała być wdzięczność za odniesione w 1610 r. zwycięstwo nad rezydującym w Łańcucie rotmistrzem królewskim i starostą żygwulskim Stanisławem Stadnickim, zwanym z powodu dokonywanych gwałtów i profanacji „diabłem łańcuckim”. Budową kierował architekt włoskiego pochodzenia Antonio Pellaccini przy współpracy Szymona Sarockiego.
